目的 Dragenの性能、料金を実際に使ってみて確認する。 やること AWS Marketplaceを使ったことがないので使い方を学ぶ。 どのように料金が発生->消滅するのか確認する。 実行日 2018年7月 AWS DRAGENのインストールガイドがあります。このガイドに簡単にDrag…

目的 Nanopore GuppyをGPUで実行する EC2の環境 p3.2xlarge ubuntu 16.04 手順 GPUが使用出来るEC2インスタンスを起動する AWS EC2のLinux インスタンスに NVIDIA ドライバをインストールする Nanopore Guppyのインストール Nanopore Guppyを実行する 1. GPU…

AWS EFS Oregon regionのファイル読み込みのスループットを計測する。複数のEC2から同時にファイルを読み込んだ場合のスループットも計測する。 また、すべてのEFSは100 MiB/秒のスループットまでバーストするとマニュアルに記載があるが、読み込み時にバー…

目的 Azure Batchのpythonサンプルプログラムを、ゲノムシークエンスデータ解析に使いやすいようにカスタマイズしたのでメモしておく。 カスタマイズしたプログラム github.com オリジナルのサンプルプログラム github.com azurebatchmonの実行環境 Azure 仮…

E 目的 インフラ構成管理ソフトについて勉強中。AWSで使ってみて、使用感が良かったので、GCPでも使用してみる。 この記事でやること SaltStackの公式ドキュメント [Getting Started With Google Compute Engine] をやってみる。 Salt StackでGCPをマネージ…

目的 Azure BatchでDNAシークエンスデータをアライメントしてみる。勉強目的。 この記事でやること Azure Batchでbwaを実行してみる。以下の記事に沿って勉強する。 チュートリアル - Python 向け Azure Batch SDK を使用する | Microsoft Docs インストール…

目的 Celeryなるツールを使ってみる。勉強目的。 この記事でやること Celery + Redisを使ってみる。Djangoは使わない。とりあえずCeleryのマニュアルのFirst Stepsは理解したい。 First Steps with Celery — Celery 4.1.0 documentation 環境 AWS EC2 Oregon…

目的 Amazon EFSのようなファイルシステムがほしいけど、TokyoリージョンにないのでNFSをたててみる この記事でやること Salt Stackを使ってNFSサーバとクライアントをたてる。データをNFSサーバにコピーしてクライアントからみられるか確認する。 Requirmen…

目的 インフラ構成管理ソフトについて勉強中。とりあえずSaltStack使ってみるよ。 この記事でやること SaltStackの公式ドキュメント [Getting Started With AWS EC2] をやってみる。 Salt StackでAWSをマネージメントするために用意しておくこと EC2 access …